En la práctica clínica, los profesionales de la institución, abordan la problemática Neuropsicológica, trascendiendo el análisis de la conducta y los procesos neurofuncionales que la sustentan, modalidades propias de la ciencia neuropsicológica; atendiendo además, a la situación contextual individuo-medio ambiente, modalidad de abordaje propia de otras teorías psicológicas, produciendo de tal manera, un encuentro de ambos enfoques. A partir de esta premisa, se realiza un proceso diagnóstico dinámico, y multiaxial, de donde deviene el planteo terapéutico concreto que resulta, por su visión totalizadora, dinámico, abierto y evolutivo. La intervención del equipo de profesionales se realiza de una manera transdisciplinaria, constituyendo un modo de comunicación, que trascendiendo los límites de la disciplina, permite el abordaje del paciente con una visión holística.

La modalidad de abordaje usada en APINEP demuestra mayor precisión en las valoraciones, diagnósticos y tratamientos, con mejores resultados en menor tiempo.  El diseño diagnóstico - terapéutico, parte de la realidad particular que plantea la situación de cada paciente, quien es asistido de manera integral. La terapia contempla la modalidad de sistema terapéutico donde la familia del paciente cobra un rol protagónico y es miembro activo de este sistema.  El terapeuta propone la programación de una primera etapa del proceso terapéutico que se analiza y discute con la familia del paciente y donde esta tiene el rol de ajustar las estrategias, proponer algunos y descartar otros (criterio ecológico).  Se establece un acuerdo de actividades entre el terapeuta y la familia que es evaluado en encuentros periódicos donde es posible realizar modificaciones a la propuesta inicial.